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通常所说的玉米种子质量有问题，主要是指：自交系繁殖田去杂不及时、不彻底，产生杂合粒；杂交制种田由于亲本纯度不高，去杂去劣不严格、不及时、不彻底，或母本自交系去雄不及时、不彻底，致使异品种株、本品种变异株或母本系散粉，产生非本品种的杂合粒和母本系自交粒；隔离条件不符合要求，使异品种花粉传入，产生异种杂合籽粒；由于种子收获、运输、晾晒、脱粒、贮藏中疏忽大意，混入了异品种种子；个人无证繁育的种子，质量问题很多，但仍非法出售。
玉米种子质量的鉴别方法如下：
1、直接鉴别法：
（1）粒形鉴别法：普通玉米杂交种，籽粒类型可分为马齿型、半马齿型和硬粒型三种。从外形来分，有长木楔、木楔、短木楔、近圆、圆肾形。如果自交系或杂交种中混入了异品种种子，则可以根据籽粒的类型而鉴别。杂交种的形状、大小一般都象母本种子。如烟单14号正交种的形状、大小象母本黄早四，半马齿型、圆平、偏大；而反交种却象母本mo17，马齿型、粉粒、偏大。一般一个制种区的玉米杂交种形状大小比较均匀一致，二代种子比较均匀一致，但与杂交种相比，种于粒大、扁平、颜色浅，购种时应往意。
（2）粒色鉴别法：
玉米种多的颜色通常有红、黄、白、紫等，生产中推广种植的以黄早四为母本的烟单14号，反交掖单2号，由于黄早四的籽粒浅黄透明，接受父本mo17、掖107的花粉后，所结杂交种籽粒的胚乳部分由原来浅黄透明变为红黄不透明，如果检查烟单14号、反交掖单2号种子中有浅黄透明粒存在，就是自交籽粒。以黄早四为父本的掖单2号、掖单4号，由于掖107籽粒为深黄顶、红黄粒，接受父本黄早四花粉后的杂交种籽粒为白顶，整个籽粒颜色比掖107稍浅。8112顶盖和整个籽粒均为深黄色，看上去稍稍发红，发暗、无光泽；接受父本黄早四花粉后，所结杂交种的籽粒胚乳为浅黄透明，白顶、有光泽、籽粒稍发白。检查掖单2号种子有深黄顶、红黄粒，掖单4号种子有顶盖和整个籽粒均为深黄色粒存在时，则为自交粒，可挑出。农户购买种于后，由于用量有限，挑除自交粒是切实可行的。购买时看种子有无光泽主要是判断种子的新陈。色泽鲜亮是新收获的种子，色泽较暗的种子可能是隔年陈种。
（3）玉米质量鉴别法：杂交玉米种由于具有胚胎杂种优势，在一定的区域内相同的土壤和栽培管理条件下繁育的种子、杂交种比母本自交系种子粒重高。
2、间接鉴别法：
（1）发芽势法：一般杂交种粒大、饱满、整齐、生活力强，因而发芽势较母本自交系强。
（2）种植鉴别法：种植鉴别是最准确最可靠的方法。它既适用于区分自交系与杂交种，又适于鉴定纯度。有三种方式：翌年种植；冬季就地温室种植；冬季海南岛异地鉴定。种植鉴定主要根据幼苗性状如：叶鞘色、叶色、叶片宽窄、长短；植株性状如：植株高矮、粗细、叶片大小、角度；穗部性状如：雌穗形状、穗柄长度、果穗苞叶生长状况、穗型、穗轴粗细、穗轴色的异同，来鉴定纯度或区分自交系和杂交种。
（3）生理鉴定法：对玉米胚胎发育观察，可看出杂种胚胎组织分化提前，器官分化清晰，发育得好。
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